Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии № 32 Федерального медико-биологического агентства» как самостоятельное юридическое лицо, было выделено из состава Государственного учреждения здравоохранения «Медико-санитарная часть № 32 Федерального управления «Медбиоэкстрем» в результате реорганизации 01 августа 2002 года. Учреждение не раз переименовывалось, сегодня является правопреемником ранее переименованных учреждений.

Истоки создания учреждения, как и всей санитарно-эпидемиологической службы Заречного, относятся к 60 годам прошлого века, когда в составе здравпункта Белоярского райздравотдела, обслуживающего строительство Белоярской АЭС, образовался санитарный отдел, а 01.05.1963 года, решением Совета Министров РСФСР, участковая больница посёлка Заречного была реорганизована в МСЧ-32, и передана 3-му Главному управлению Минздрава СССР (ныне ФМБА России). С мая 1963 года началось формирование штата санитарно-эпидемиологической станции МСЧ-32 (СЭС МСЧ-32).

Шли годы, менялись поколения специалистов, но неизменным оставалось одно: не терялась связь поколений и традиции учреждения. Традиции передавать молодым сотрудникам богатый профессиональный опыт, прививать преданность избранной профессии. В учреждении нет случайных людей, есть сплочённый коллектив единомышленников, чётко понимающих поставленные задачи, и ориентированных на конечный результат: охрану здоровья граждан.